El Fondo Agua Yaque del Norte está enfocado en la conservación de la cuenca del río Yaque del Norte, que es la más extensa del país con 7,053 km2 equivalentes al 14.6% del territorio nacional. Puede ser subdividida en cuenca alta que va desde su nacimiento hasta Jarabacoa, cuenca media que va desde Jarabacoa a Santiago y cuenca baja que va desde Santiago hasta el Atlántico. Esta cuenca tiene su nacimiento en la Cordillera Central a una altura de 2,580 msnm en la loma La Rusilla; recorre 296 kilómetros hasta su desembocadura en Montecristi.
El Plan de Conservación del Fondo Agua Yaque del Norte es el documento que establece los lineamientos, describe la metodología y el marco científico/conceptual a tomar en cuenta para implementar y financiar actividades de conservación, planificar acciones, priorizar y definir el contexto espacial de las intervenciones, así como también para establecer los procedimientos de monitoreo asociados a la implementación. Los resultados se analizan a través de protocolos de monitoreo hidrológico y socioeconómico.